本品是重要的药物原料和中间体，主要用于抗肿瘤活性物Goniofufurone，脑瘤抑制剂2-脱氧-2,2-二氟-D-吡喃阿拉伯糖，寡核苷酸前体(9-(3′-O-苄基-2′-O-苄氧羰基) β-D-呋喃木糖基)腺嘌呤，糖苷酶抑制剂野尻霉素，抗HIV活性物1,4-二脱氧-1,4-亚胺基-D-阿拉伯糖醇，抗菌消炎活性物糖基吲哚、(−)-Dinemasone B、磷脂酰肌醇甘露糖苷类似物，具有多种药理活性的糖基海星皂苷等的合成。也用于合成1,3-β-葡聚六聚糖**、磺达肝葵钠和羟硝氨糖环素的中间体2,4,6-三-O-苄基-α-D-葡糖基-三氯乙酰亚胺酯、3-O-苄基-1,2-O-异亚丙基α-L-呋喃艾杜糖、3-O-苄基-1,2-O-异亚丙基α-呋喃木糖醛。
3-O-苄基-1,2;5,6-二-O-异亚丙基-α-D-呋喃葡萄糖用于合成以下衍生物：3-O-苄基-1,2-O-异亚丙基-D-呋喃葡萄糖，3-O-苄基-D-呋喃葡萄糖，α,β-D-甲基-吡喃葡糖苷，2,5,6-三-O-甲基-D-呋喃葡萄糖，3-O-苄基-木糖醇，3,4-二-O-甲基-D-赤藓糖醇，2,4,6-三-O-甲基-D-甘露糖，L-艾杜糖，6-脱氧-6-乙酰胺基-艾杜吡喃硫糖，6-O-苯甲酰基-1,2-O-异亚丙基-D-呋喃葡萄糖，3-O-苄基-4,6-苯亚甲基-D-呋喃葡萄糖，3-O-苄基-1,2-O-异亚丙基-D-呋喃葡萄糖醛酸，甲基-3-O-苄基-5,6-O-异亚丙基-α,β-D-呋喃葡萄糖苷等。
此外，3-O-苄基-1,2;5,6-二-O-异亚丙基-α-D-呋喃葡萄糖是有机反应的手性辅助子，低聚糖和糖聚合物的合成子。
